pydicom｜read_partial の使い方

pydicom.filereader.read_partial

１．概要

指定した条件が満たされるまで、DICOMファイルの読み込みを行います。
読み込みを停止する条件がない場合は、read_partialではなくdcmreadを使用します。

２．引数

read_partial(fileobj, stop_when=None, defer_size=None, force=False, specific_tags=None)

fileobj：a file-like object
ファイルオブジェクトを指定します。
使用後はファイルオブジェクトを自身で閉じる必要があります。

stop_when:None（default：None）
デフォルト（None）の場合、ファイル全体が読み込まれます。
コールバック関数を指定すると、タグ、VR、lengthを条件にどこまで読み込むかを指定することができます。
コールバック関数で、Trueを返すと読み込みが停止します。（Trueとなった条件の前まで読み込まれます）
Falseを返すと読み込み続けます。

defer_size：int or str or None（default：None）
None の場合、すべての要素がメモリに読み込まれます。
defer_sizeを指定すると、DICOMファイルが指定したサイズより大きい場合、指定サイズを超える部分はコード内でアクセスされるまでメモリに読み込まれません。
サイズは、整数（バイト）もしくは、単位を含む文字列値を指定します。 “1024 KB”、 “5 MB”。

force：bool（default：False）
False の場合、メタ情報ヘッダーがファイルにない場合は、InvalidDicomErrorが発生します。
Trueの場合、ファイルメタ情報ヘッダが見つからなくても読み込みます。

specific_tags：list or None（default：None）
None は、すべてのタグを読み込みます。
listでタグもしくは、タグ名を指定すると指定したタグのみ読み込まれます。

３．戻り値

読み込んだDICOMファイルを表すFileDatasetインスタンスまたはDicomDirインスタンスを返します。

４．使用例

患者名タグの前まで読み込み（タグ名を指定）

import pydicom

def stop_conditions(tag,vr,length):
    if pydicom.datadict.keyword_for_tag(tag) == 'PatientName':
        return True
    
    return False

with open('DICOMファイルのフルパス','r+b') as f:
    ds = pydicom.filereader.read_partial(f, stop_when=stop_conditions, force=True)
    print(ds)

import pydicom

def stop_conditions(tag,vr,length):

if pydicom.datadict.keyword_for_tag(tag) == 'PatientName':

return True

return False

with open('DICOMファイルのフルパス','r+b') as f:

ds = pydicom.filereader.read_partial(f, stop_when=stop_conditions, force=True)

print(ds)

患者名タグの前まで読み込み（タグコードを指定）

import pydicom

def stop_conditions(tag,vr,length):
    # patientName
    if tag == pydicom.tag.BaseTag(0x00100010):
        return True
    
    return False

with open('DICOMファイルのフルパス','r+b') as f:
    ds = pydicom.filereader.read_partial(f, stop_when=stop_conditions, force=True)
    print(ds)

import pydicom

def stop_conditions(tag,vr,length):

# patientName

if tag == pydicom.tag.BaseTag(0x00100010):

return True

return False

with open('DICOMファイルのフルパス','r+b') as f:

ds = pydicom.filereader.read_partial(f, stop_when=stop_conditions, force=True)

print(ds)

指定したVRの前まで読み込み

import pydicom

def stop_conditions(tag,vr,length):
    if vr == 'DA':
        return True
    
    return False

with open('DICOMファイルのフルパス','r+b') as f:
    ds = pydicom.filereader.read_partial(f, stop_when=stop_conditions, force=True)
    print(ds)

import pydicom

def stop_conditions(tag,vr,length):

if vr == 'DA':

return True

return False

with open('DICOMファイルのフルパス','r+b') as f:

ds = pydicom.filereader.read_partial(f, stop_when=stop_conditions, force=True)

print(ds)

指定した長さの前まで読み込み

import pydicom

def stop_conditions(tag,vr,length):
    if length > 32:
        return True
    
    return False

with open('DICOMファイルへのフルパス','r+b') as f:
    ds = pydicom.filereader.read_partial(f, stop_when=stop_conditions, force=True)
    print(ds)

import pydicom

def stop_conditions(tag,vr,length):

if length > 32:

return True

return False

with open('DICOMファイルへのフルパス','r+b') as f:

ds = pydicom.filereader.read_partial(f, stop_when=stop_conditions, force=True)

print(ds)