pydicom｜DICOMファイルの差分を表示する

pydicom公式サイトのサンプルを元に、pydicomとdifflibを使って２つのDICOMファイルの差分を表示します。

１．環境

・Jupyter Notebook 5.0.0
・python 3.6.1
・pydicom 1.1.0（インストールは公式サイトを参照）

２．DICOMファイル

pydicom/data/test_files に格納されている、MR_small.dcm・CT_small.dcmを使用します。
また、以下のサイトからDICOMファイルを取得することもできます。

３．サンプルコード

import difflib
import pydicom
from pydicom.data import get_testdata_files

filename_mr = get_testdata_files('MR_small.dcm')[0]
filename_ct = get_testdata_files('CT_small.dcm')[0]

# tuple型のオブジェクトとして、datasets[0]=MRとdatasets[1]=CT が読み込まれます
datasets = tuple([pydicom.dcmread(filename, force=True)
                  for filename in (filename_mr, filename_ct)])


# difflib関数を使用するため、読み込んだDICOMデータを行のリストに変換します。
rep = []
for dataset in datasets:
    
    lines = str(dataset).split("\n")
    # linesの内容（一部）
    # [
    # "(0008, 0008) Image Type                          CS: ['DERIVED', 'SECONDARY', 'OTHER']", 
    # "(0008, 0012) Instance Creation Date              DA: '20040826'", 
    # "(0008, 0013) Instance Creation Time              TM: '185434'",     

    lines = [line + "\n" for line in lines]  # add the newline to end
    # linesの内容（一部） 改行コード（\n）を各行の末尾に追加
    # [
    # "(0008, 0008) Image Type                          CS: ['DERIVED', 'SECONDARY', 'OTHER']\n", 
    # "(0008, 0012) Instance Creation Date              DA: '20040826'\n", 
    # "(0008, 0013) Instance Creation Time              TM: '185434'\n", 
    
    rep.append(lines)

# 比較を行い差分を出力します
diff = difflib.Differ()
for line in diff.compare(rep[0], rep[1]): # rep[0] MR , rep[1] CT
    if line[0] != "?" and line[0] != " ":
        print(line)
        
#     if line[0] == " ":
#         print(line)

import difflib

import pydicom

from pydicom.data import get_testdata_files

filename_mr = get_testdata_files('MR_small.dcm')[0]

filename_ct = get_testdata_files('CT_small.dcm')[0]

# tuple型のオブジェクトとして、datasets[0]=MRとdatasets[1]=CT が読み込まれます

datasets = tuple([pydicom.dcmread(filename, force=True)

for filename in (filename_mr, filename_ct)])

# difflib関数を使用するため、読み込んだDICOMデータを行のリストに変換します。

rep = []

for dataset in datasets:

lines = str(dataset).split("\n")

# linesの内容（一部）

# [

# "(0008, 0008) Image Type CS: ['DERIVED', 'SECONDARY', 'OTHER']",

# "(0008, 0012) Instance Creation Date DA: '20040826'",

# "(0008, 0013) Instance Creation Time TM: '185434'",

lines = [line + "\n" for line in lines] # add the newline to end

# linesの内容（一部）改行コード（\n）を各行の末尾に追加

# [

# "(0008, 0008) Image Type CS: ['DERIVED', 'SECONDARY', 'OTHER']\n",

# "(0008, 0012) Instance Creation Date DA: '20040826'\n",

# "(0008, 0013) Instance Creation Time TM: '185434'\n",

rep.append(lines)

# 比較を行い差分を出力します

diff = difflib.Differ()

for line in diff.compare(rep[0], rep[1]): # rep[0] MR , rep[1] CT

if line[0] != "?" and line[0] != " ":

print(line)

# if line[0] == " ":

# print(line)

実行すると以下のように出力されます。

+ (0008, 0005) Specific Character Set              CS: 'ISO_IR 100'

- (0008, 0008) Image Type                          CS: ['DERIVED', 'SECONDARY', 'OTHER']

+ (0008, 0008) Image Type                          CS: ['ORIGINAL', 'PRIMARY', 'AXIAL']

- (0008, 0012) Instance Creation Date              DA: '20040826'

+ (0008, 0012) Instance Creation Date              DA: '20040119'

- (0008, 0013) Instance Creation Time              TM: '185434'

+ (0008, 0013) Instance Creation Time              TM: '072731'

- (0008, 0016) SOP Class UID                       UI: MR Image Storage

+ (0008, 0016) SOP Class UID                       UI: CT Image Storage

+ (0008, 0005) Specific Character Set CS: 'ISO_IR 100'

- (0008, 0008) Image Type CS: ['DERIVED', 'SECONDARY', 'OTHER']

+ (0008, 0008) Image Type CS: ['ORIGINAL', 'PRIMARY', 'AXIAL']

- (0008, 0012) Instance Creation Date DA: '20040826'

+ (0008, 0012) Instance Creation Date DA: '20040119'

- (0008, 0013) Instance Creation Time TM: '185434'

+ (0008, 0013) Instance Creation Time TM: '072731'

- (0008, 0016) SOP Class UID UI: MR Image Storage

+ (0008, 0016) SOP Class UID UI: CT Image Storage

各行の先頭に、+や- が表示されていますが意味は以下のようになります。

引用元：difflib

また、サンプルコードの末尾を以下のように変更すると、一致する箇所を表示することもできます。

for line in diff.compare(rep[0], rep[1]): # rep[0] MR , rep[1] CT
        
    if line[0] == " ":
        print(line)

for line in diff.compare(rep[0], rep[1]): # rep[0] MR , rep[1] CT

if line[0] == " ":

print(line)