pydicom｜DICOM画像を表示する

2018/7/18 2018/7/21 Pydicom入門 | Pydicomの使い方の記事一覧, python, プログラミング

pydicomを使って、DICOM画像を表示します。
わずか５行（改行含まず）で、CT画像を表示することができます。

１．環境

・Jupyter Notebook 5.0.0
・python 3.6.1
・pydicom 1.1.0（インストールは公式サイトを参照）
・matplotlib（pip install matplotlib)

２．DICOMファイル

今回は無料で使用できる（アカウント登録も不要）、以下のファイルを使用します。

一般社団法人日本画像医療システム工業会【JIRA】：DICOMの世界
CR_JPG_IR87a.dcm

３．全体のコード

%matplotlib inline
import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom

ds = pydicom.dcmread('dicomファイルへのフルパス')
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)

%matplotlib inline

import matplotlib.pyplot as plt

import pydicom

ds = pydicom.dcmread('dicomファイルへのフルパス')

plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)

４．ポイント

%matplotlib inline は忘れずに

この一文を忘れても正常に実行できますが、Jupyter Notebook 上に画像が表示されません。。。